，参谋本部进行镇压起事部队的计划，已经开始实施。
政变事件发生时，日军参谋本部的工作，由参谋次长杉山元主持。
对该事件，参谋本部一开始就认为这是犯上作乱，是破坏部队的指挥和无组织无纪律的行动，因而定下了武力弹压的方针。
此时，三宅坂的参谋本部，已被起事部队占据，杉山元参谋次长知道这一情况后，即转移到紧靠皇宫北侧的宪兵司令部内办公，处理政变事件善后。
杉山元参谋次长同意了，参谋本部作战课提出的，由作战班长冈本清福中佐一再坚持的镇压计划。
按照计划，即刻调第1师团驻甲府的步兵第49联队，驻佐仓的步兵第57联队，驻东京东郊习志野的战车第2联队，以及驻宇都宫市第14师团的3个步兵大队等，在当天先后进入东京市内。
接下来，参谋本部又调驻仙台的第2师团一部与14师团另一部也进入东京。
27日上午8时20分，杉山元参谋次长面见天皇，得到镇压的许可后，便以参谋总长的名义，向近卫师团、第1师团下达了起事部队必须撤离占据机关，返回营区的命令。
此时的裕仁天皇在宫内亦表示：“朕将亲率近卫师团以行镇压。”
起事部队在2月28日上午9时左右，先后接到了必须返回营区的命令，因而大多数人开始紧张起来，有的主张抵抗到底，有的主张自决，但最后还是作了反击的部署。
……
政变爆发时，陆军高层一直处在犹豫之中。
政变爆发40分钟后，天皇侍从武官本庄繁大将就从副官中岛铁藏少将那里得知出事的消息，他让中岛立即给天皇的贴身侍从甘露寺受长打电话。
甘露寺接到电话，连忙叫醒尚在睡梦中的裕仁天皇，简要汇报了局势突变的情况。
裕仁天皇一边嘟哝说“终于还是干起来了”，一边穿上缀有四颗星的陆军大元帅军服，起身前往皇宫政务室。
早6时，本庄繁、宫内大臣木户、内相汤浅、侍从次长广幡全都赶到皇宫，向天皇汇报情况。
本庄已经吓得嘴唇上一丝血色都没有，他告诉裕仁天皇，首相、藏相、内大臣和侍从长等重臣都已遭到袭击，生死不明。
听了汇报，裕仁天皇皱着眉头，气愤地说：“这是从未有过的不祥之举。要立即平息，使军队恢复正常。”
然而，本庄繁并没有按照裕仁天皇的指示迅速镇压叛乱。
这不仅是因为本庄繁在思想上同情叛乱军人，而且还因为他的女婿山口太一郎大尉也卷进了叛乱活动中。
上午9时，被香田大尉扣押在陆相官邸的川岛义之陆相，在和政变军人们谈得唇焦舌敝之后，终于获准赶到皇宫觐见天皇。
川岛义之带来了叛军的宣言书，并转达了叛军的七条要求：
“必须恢
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